但是民法典中有人身自由权和受教育权，那么校规算不算违法

依据相关法律，校规不能违反上位法规定，尤其是对学生基本权利的保障。
根据《中华人民共和国宪法》第三十三条和第三十七条的规定，国家尊重和保障人权，公民的人身自由不受侵犯。《中华人民共和国教育法》第二十九条赋予学校自主管理权，但同时也强调学校行使权利时必须依法进行。此外，《未成年人保护法》第三十三条明确规定，学校应当尊重未成年学生的人格尊严，不得侵犯其合法权益。
如果学校以“统一管理”为由，制定限制男生留长发的校规，且未考虑特殊情况（如宗教信仰、医疗需求等），可能构成对人身自由权的限制。同时，若因此禁止学生上课，影响其受教育权，也可能违反《教育法》第九条“教育应当坚持立德树人，对受教育者进行爱国主义、集体主义、社会主义的教育，进行理想、道德、纪律、法治、国防和民族团结的教育”的基本原则。
综上所述，校规虽属学校管理手段之一，但其内容不得违反《宪法》《教育法》《未成年人保护法》等上位法规定，否则将不具有法律效力。
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校规规定男生不能留长发否则不让上学可能存在以下法律风险：
1、侵犯学生受教育权：若因未剪发被禁止入学，可能构成对受教育权的限制。例如某地曾有学校因禁止长发男生入校上课，家长提起行政诉讼，法院最终认定该行为违法。
2、涉嫌违反平等权保障：若只限制男生不留长发而不限制女生，可能构成性别歧视，违反《宪法》第33条关于“中华人民共和国公民在法律面前一律平等”的规定。例如某中学曾因仅限制男生发型而被家长质疑，最终被教育局责令整改。
以上风险提示，学校在制定校规时应严格遵守法律法规，避免侵害学生合法权益。
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针对校规中男生不能留长发否则不让上学的问题，建议采取以下行动方案：
1、了解校规制定依据：首先查阅学校是否引用了地方教育部门或国家相关文件作为制定依据，确认其合理性。
2、与学校沟通协商：向学校管理层提出异议，要求其说明该规定与教育管理之间的关联性，并争取合理调整。
3、向教育主管部门反映：若沟通无果，可向当地教育局投诉，要求对校规合法性进行审查。
4、寻求法律援助：联系专业律师，了解是否构成对人身自由权或受教育权的侵害，并根据律师建议采取进一步法律行动。
5、收集证据：保存相关校规文本、沟通记录、通知文件等，为后续维权提供依据。
选择解决方案时，应重点考虑校规是否实质影响受教育权、是否存在歧视性条款以及是否有合法救济途径。
如您不确定如何处理，建议尽快联系专业律师，获取针对性法律建议。
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关于校规规定男生不能留长发否则不让上学是否违法的问题，需要根据具体情况判断。
如果校规中的“男生不能留长发”是出于统一管理、维护教学秩序的合理目的，且未侵犯学生的基本权利，一般不构成违法。但如果该规定过度限制学生的人身自由权或受教育权，可能涉嫌违法。具体情况如下：
1. 若校规符合教育部门关于学生仪容仪表的相关规定，属于学校合理管理范围，则不违法。
2. 若校规未提供变通空间，例如学生因宗教信仰、医疗原因等特殊情况无法遵守，仍强制执行，则可能侵犯学生的基本权利。
3. 若因未剪发而禁止学生入学，影响其受教育权的实现，可能构成对受教育权的不当限制。
4. 若校规与地方或国家教育法规冲突，可能被认定为无效或需修改。
5. 若该规定带有性别歧视色彩，例如仅限制男生而不限制女生发型，则可能涉嫌违反平等权保障原则。